Trong cuộc chiến tranh Boshin, sau trận chiến tại Toba-Fushimi tháng 1 năm Keiou thứ 4, Okita đã phải tới bệnh xá của Matsumoto Ryoujun ở Edo chữa bệnh[14], sau đó chuyển tới sống cùng Okita Rintarou, Okita Mitsu, và con của họ. Khi lực lượng của Mạc Phủ (trong đó có Shinsengumi và Shinchougumi) bị đánh bại và phải rút về miền núi Tohoku, Okita đã ở lại Edo 1 mình[15]. Anh mất vì bệnh lao ngày 19/7/1868 (ngày 30/5 âm lịch). Đêm hôm đó, Okita được chôn cất tại ngôi đền của gia đình ở Edo (nay là Tokyo), dưới tên khai sinh của mình. Ngày nay, ngôi mộ của anh vẫn thuộc quyền sở hữu cá nhân của dòng họ và người ngoài không thể tham quan.[16]

Thông tin cho rằng Okita mất năm 26 tuổi dựa trên giả thuyết anh sinh năm 1842.